Schönste Zeit mit Audi
Doch 2000 kam die Wende. Ein Angebot für den Porsche Super Cup nahm Marco an. Es folgten 2 Vizetitel im heiß umkämpften Super Cup und ein Angebot für Audi die 24 Stunden in Le Mans 2002 zu fahren.
Das eine Rennen für Audi nutzte Marco einmal mehr um auf sich aufmerksam zu machen. Aus dem einen Rennen wurde mehr. Marco Werner bekam einen Audi Werksvertrag und nutzte seine Chance.
In seiner ersten vollen Saison für Audi 2003, gewann er auf Anhieb in der American Le Mans Serie den ersten Titel seiner Karriere. Zwei weitere Titel sollten 2004 und 2008 folgen. In der American Le Mans Serie wurde er einer der erfolgreichsten Fahrer der Geschichte mit 25 Siegen in 54 Rennen. Auch den Langstreckenklassiker in Sebring gewann er drei mal (2003, 2005, 2007). Die Highlights seiner Karriere sind aber sicher die drei Le Mans Siege. Gleich drei mal in Reihe gewann er den Langstreckenklassiker 2005, 2006 und 2007.
Da er auch 1995 den 24 Stunden Klassiker von Daytona gewann, ist Marco Werner in kürzester Zeit zu einem der erfolgreichsten Sportwagen Piloten der Geschichte aufgestiegen. Er ist neben Hans Herrmann der einzige Deutsche der die "Triple Crown" (Siege in Daytona, Sebring und Le Mans) erringen konnte. Das schafften in der Motorsport Geschichte nur Mauro Baldi, A.J.Foyt, Hurley Haywood, Hans Herrmann, Al Holbert, Jackie Oliver und Andy Wallace.
"Ich habe meistens zu den "Frontrunnern" gehört, aber es oft nur zur Vizemeisterschaft gebracht weil irgend etwas gefehlt hat im Paket, das man zum Siegen braucht. Bei Audi habe ich erstmals in meiner Karriere alles vorgefunden und die erfolgreichste und schönste Zeit meiner Motorsportlaufbahn erlebt. Audi war das späte Glück in meinem Leben" so der dreifache Le Mans Sieger.